Setup e Installazione

Opzione Raccomandata: Dev Container

Per la sessione di demo AI, non è necessario installare nulla localmente. Usiamo un ambiente pre-configurato tramite Dev Container con tutti gli strumenti già installati (R, DESeq2, Salmon, fastp, Quarto…).

Prerequisiti (~15 minuti)

1. Installa Docker Desktop

2. Installa Visual Studio Code

Download VS Code

3. Installa l’estensione Dev Containers

  1. Apri VS Code
  2. Clicca sull’icona Extensions (quadratini sulla sinistra)
  3. Cerca: Dev Containers
  4. Clicca su Install

Avvio Rapido (~5 minuti)

# Passo 1: Scarica il materiale del corso
git clone https://github.com/Revelo-RNASeq/2025_RNASeq.git
cd 2025_RNASeq

# Passo 2: Apri in VS Code
code .

Passo 3: VS Code mostrerà un popup “Reopen in Container” → clicca.

In alternativa: Cmd+Shift+P (Mac) / Ctrl+Shift+P (Windows) → cerca “Dev Containers: Reopen in Container” → premi Invio.

Passo 4: Attendi il download (prima volta: ~3–5 minuti / ~3 GB; volte successive: ~30 secondi).

✅ Fatto! Tutti i tool sono già installati.

Verifica Installazione

Apri il terminale in VS Code (`Ctrl+`` oppure Terminal → New Terminal) ed esegui:

# Verifica strumenti bioinformatici
salmon --version
fastqc --version
multiqc --version
quarto --version

# Verifica pacchetti R
R -e "library(DESeq2); library(tximport); cat('✅ OK\n')"

Problemi Comuni

Docker non parte

  • Windows: verifica che Docker Desktop sia in esecuzione (icona nella system tray)
  • Mac: verifica che Docker Desktop sia in esecuzione (icona nella menu bar)

Errore “Cannot connect to Docker daemon”: apri Docker Desktop, attendi “Docker is running”, poi riprova.

Windows – Errore WSL2: apri PowerShell come Amministratore, esegui wsl --install, riavvia il computer e poi Docker Desktop.

Spazio su disco insufficiente: servono almeno 10 GB liberi.