Analisi Dati di Bulk RNA-Seq

Author

Marco Chiapello

Benvenuti

Questo corso vi guiderà attraverso l’analisi di dati di sequenziamento RNA (RNA-Seq) bulk, dalla comprensione del dato grezzo all’interpretazione biologica dei risultati.

Struttura del Corso

Il corso è organizzato in 2 giornate:

Giorno 1: Sequenziamento & Pipeline

  1. Introduzione al Corso
    • Panoramica del corso, obiettivi e metodologia didattica
  2. Ricerca Riproducibile
    • Principi di ricerca riproducibile, best practices e strumenti
  3. Basi Biologiche RNA-Seq
    • Il dogma centrale, tecnologie NGS, design sperimentale
  4. Pipeline nf-core/rnaseq
    • Workflow completo da FASTQ a matrice di conteggi

Giorno 2: Analisi in R

  1. Analisi in R: Import, DESeq2 e Visualizzazione
    • Guida dettagliata all’importazione dati, analisi differenziale e visualizzazione dei risultati
  2. Setup R e Tools
    • Configurazione ambiente di lavoro
  3. Demo AI-Prompts
    • Come usare AI per generare codice di analisi

Filosofia del Corso

Questo corso adotta un approccio AI-assistito: imparerete a formulare prompt efficaci per generare codice di analisi, piuttosto che memorizzare sintassi. L’obiettivo è comprensione dei concetti biologici e statistici, non la programmazione fine a sé stessa.

Prerequisiti

  • Conoscenza base di biologia molecolare
  • Familiarità con R (anche minima)
  • Curiosità e voglia di imparare!

Materiale Didattico

  • Setup Software - Istruzioni per installare R, Nextflow, Docker
  • Risorse - Tutorial, documentazioni e riferimenti utili

Dataset

Durante il corso utilizzeremo il dataset airway (RNA-Seq di cellule muscolari lisce delle vie aeree trattate con desametasone), un classico esempio per didattica bioinformatica.

Supporto

  • Slack: Canale dedicato per domande e discussioni
  • GitHub: Repository con codice e materiali
NotePrima di iniziare

Assicurati di aver completato il setup del software necessario!